Shinji Ikari

Shinji Ikari es el Third Children, el protagonista principal de la serie y piloto designado del Evangelion Unidad 01. Shinji es hijo de la bioingeniera Yui Ikari y del jefe de la organización NERV, Gendo Ikari. Después de la muerte de su madre, fue abandonado por su padre y vivió durante 11 años con su sensei, hasta que fue llamado a Tokio-3 para pilotar la Unidad-01 y enfrentar a los Ángeles.
Rei Ayanami

Rei Ayanami es la First Children elegida por el Instituto Marduk, designada como piloto del Evangelion Unidad 00. Al inicio de la serie, Rei Ayanami es presentada como una joven enigmática de carácter introvertido, silenciosa y nada comunicativa, que a pesar de confiar en las personas adultas, sólo manifiesta emociones y lealtad sincera hacia Gendo Ikari, con quien también mantiene una relación distante.
Asuka Langley Shikinami

Asuka Langley Shikinami es un personaje que aparece en Rebuild of Evangelion. Hace su debut en la segunda película titulada Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance. Nació y creció en Alemania. Su lengua materna es el alemán, aunque casi nunca se la oye usarla, ya que habla japonés con fluidez. Ella es el piloto designado de la Unidad-02, así como la piloto de pruebas de la Unidad-03. Si bien es adaptada de Asuka Langley Soryu, su apellido es diferente y algunos aspectos de su personalidad se apartan de lo visto en la serie original.
Mari Illustrious Makinami

Mari Illustrious Makinami es una personaje que aparece en la tetralogía Rebuild of Evangelion introducido en Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance. Ella es una chica con gafas y "colas gemelas". Su aspecto se caracteriza por su pelo color café, sus ojos de verde azulado y sus características gafas, además de que, como Asuka, también lleva cotidianamente los Clips Nerviosos A10.
Sakura Suzuhara

Sakura Suzuhara es un personaje que aparece por primera vez en Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance, aunque su nombre nunca es revelado. Ella es la hermana menor de Toji Suzuhara. En Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo es parte de la recientemente formada organización WILLE. En la serie de televisión nunca llega a aparecer, y permaneció siempre hospitalizada debido a sus graves heridas causadas por la pelea del EVA-01 y el Cuarto Ángel.
Midori Kitakami

Midori Kitakami es un personaje que aparece por primera vez en Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo. Es parte de la recientemente formada organización WILLE. Es responsable de la supervisión del radar y sonar a bordo del AAA Wunder. Su función principal es indicar la posición de los enemigos. Parece ser alguien que cree poco en lo que hace. Ella protesta cuando Shigeru Aoba le recuerda su misión y cuando Koji Takao le dice que la muerte realmente no importa. Sin embargo, ella desempeña su papel con atención a pesar de que a menudo se asusta por la situación.
Koji Takao

Koji Takao es un personaje que aparece por primera vez en Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo. Es parte de la recientemente formada organización WILLE. Se sabe muy poco de él, debido a su breve aparición. El pasado de Koji Takao aún no ha sido revelado, tal como ocurre con casi todos los miembros de WILLE. Lo único que sabemos es que conocía a Ryoji Kaji y probablemente fue gracias a él que Koji pudo unirse a WILLE.
Sumire Nagara

Sumire Nagara es un personaje que aparece por primera vez en Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo. Es parte de la recientemente formada organización WILLE. Se sabe muy poco de ella, debido a su breve aparición. El pasado de Sumire Nagara aún no ha sido revelado, tal como ocurre con casi todos los miembros de WILLE. Aparece por primera vez cuando Shinji Ikari es conducido en la cubierta del AAA Wunder.
Hideki Tama

Hideki Tama es un personaje que aparece por primera vez en Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo. Es parte de la recientemente formada organización WILLE. Al no conocer bien el AAA Wunder, se le puede ver con un montón de libros cuando la nave despega por primera vez. La presencia y desaparición de los libros alrededor de Hideki sugiere que fue contratado poco antes de que Shinji Ikari despertara, lo que lo obligó a trabajar sin saber completamente cómo funcionaba la nave.