Cuando Scooby Doo y su grupo de amigos intentan capturar al Virus Vantasma, son accidentalmente transportados dentro de un videojuego basado en sus propias aventuras y misterios. Tendrán que pasar a través de los 10 monstruosos niveles del juego, viajarán a través del tiempo desde la prehistoria hasta un futuro espacial e incluso tendrán que combatir con una multitud de villanos virtuales de sus más famosas aventuras.