Todo comienza cuando la Detective Rebecca Madsen (Sarah Jones, "Sons of Anarchy") del Departamento de Policía de San Francisco es enviada a investigar un homicidio en el que una huella digital la lleva hasta un sospechoso que había estado preso en Alcatraz y debería haber muerto hace décadas. Cuando el agente del gobierno Emerson Hauser (Sam Neill, "Jurassic Park") intenta impedir la investigación de la detective, Madsen busca ayuda en el experto en Alcatraz y fánáticos de los cómics, Dr. Diego "Doc" Soto (Jorge Garcia, "Lost").
La esperada nueva producción de JJ Abrams (Super 8, Lost, Fringe) arrasó en su estreno en EE.UU. enganchando con su piloto a casi 10 millones de espectadores. La serie además batió récords en la Fox convirtiéndose en el mejor estreno de drama de la cadena norteamericana de los últimos 3 años. Pese a su éxito inicial la serie fue perdiendo audiencia gradualmente hasta terminar la temporada a finales de marzo con menos de la mitad de espectadores que en su piloto. En mayo de 2012 se comunicó la decisión de no renovarla para una segunda temporada, siendo cancelada.
No más misterios envueltos en acertijos dentro de enigmas (...) ¿Crees que 'Lost' era demasiado sutil? Abrams y compañía han servido 'Alcatraz' en gruesas rebanadas y las servido en una gran fuente de obviedades